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    宏轉(zhuǎn)錄組

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    宏轉(zhuǎn)錄組

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    項目介紹

    宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Metatranscriptomics)的研究對象是微生物組mRNA，在獲取微生物組總RNA并去除rRNA之后，反轉(zhuǎn)錄為cDNA，并構(gòu)建合適長度的插入片段文庫，對這些文庫進行雙端(Paired-end，PE)高通量測序，從而能精確定量整個菌群中具有活性的物種精細(xì)組成及其對應(yīng)功能的表達(dá)水平，進而鎖定菌群中的關(guān)鍵生物標(biāo)記物、闡明其生物學(xué)意義。

    實驗流程：

    分析流程：

    樣品要求

    1. cDNA：濃度≥20 ng/μL，總量≥1 μg，必須是雙鏈cDNA；

    2. RNA：濃度≥100 ng/μL，總量≥4 μg，并確保RNA無降解；

    3. 土壤、污泥等原樣，至少提供1.5g；

    4. 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時干冰運輸。

    項目案例

    CAZy酶的注釋結(jié)果統(tǒng)計圖

    Unigene差異表達(dá)MA圖

    種水平的豐度等級曲線圖

    常見問題
    1、宏轉(zhuǎn)錄組測序有哪些特點？


    1、直接對群落樣本中的轉(zhuǎn)錄本進行測序，真實再現(xiàn)群落的活性功能；

    2、業(yè)界公認(rèn)的總RNA 提取方法和rRNA 去除技術(shù)，穩(wěn)定；

    3、使用Illumina NovaSeq高通量測序平臺，速度更快周期更短；

    4、功能+物種，雙管齊下；拼接+不拼接，各取所長，實現(xiàn)對物種和功能的“高分辨率”精確定量；

    5、根據(jù)樣本、數(shù)據(jù)特征，自動選擇分析流程，多種功能注釋數(shù)據(jù)庫可選，優(yōu)化宏基因組功能代謝譜注釋；

    6、通過多種多變量統(tǒng)計分析和機器學(xué)習(xí)方法，系統(tǒng)、深入地挖掘宏轉(zhuǎn)錄組大數(shù)據(jù)中差異相關(guān)的關(guān)鍵物種和關(guān)鍵功能，識別關(guān)鍵生物標(biāo)記物。

    宏轉(zhuǎn)錄組

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